اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری استان کهگیلویه و بویراحمد در سال 1346 شروع به فعالیت کرد. در آن زمان عنوان این اداره، سرجنگلبانی بود و در پی تاسیس آن در استان تعدادی قرقبان محلی به کار گرفته شد. تا قبل از سال 1351 این اداره فاقد تشکیلات مصوب سازمانی بود که تشکیلات موجود در اسفندماه 1351 از تصویب سازمان امور اداری و استخدامی کشور گذشت و سپس در سال 1366 با تغییر عنوان سرجنگلداري كل در استان‌ها به اداره كل منابع طبيعي، در استان نیز اداره کل منابع طبیعی تشکیل که تا آخر سال 1367 زیر نظر سازمان کشاورزی و تحت نظر مدیر این سازمان فعالیت نمود (سید نظام‌الدین سجادی مدیریت مشترک هر دو را بر عهده گرفت). در تاریخ 1/1/1368 اداره کل منابع طبیعی رسما از سازمان کشاورزی استان مستقل شد و تحت نظر آقای حسن سید مومنی به عنوان اولین مدیرکل به فعالیت‌های خود ادامه داد. در سال 1372 مدیریت حفاظت آب و خاک که جزو تشکیلات اداره کل منابع طبیعی بود، از این اداره کل جدا و به سازمان جهاد کشاورزی ملحق شد که در آن سازمان، عنوان مدیریت آبخیزداری را به خود گرفت.

 طي مصوبه شورايعالي اداري در سال 1381 وظايف مربوط به آبخيزداري از وزارت جهاد كشاورزي منفك و به سازمان جنگل‌ها و مراتع كشور واگذار شد و عنوان اين سازمان به سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخيزداري تغيير يافت. پیرو این تغییرات کشوری، در این ستان نیز در سال 1385 مدیریت آبخیزداری از سازمان جهاد کشاورزی منفک و با عنوان معاونت آبخیزداری جزو تشکیلات اداره کل منابع طبیعی گردید و متعاقب آن نام این اداره به اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری تغییر یافت.